Nel sito dell'attuale chiesa sorgeva anticamente un'altra chiesa, dedicata a sant'Angelo. Questa venne acquisita il 13 marzo 1632 dalla Compagnia di San Bonaventura, che iniziò ad officiare la chiesa con il titolo di san Bonaventura da Bagnoregio. Nel XIX secolo si pensò di ricostruire la chiesa, ormai cadente, e il 27 ottobre 1856 iniziarono i lavori, diretti dall'architetto Pietro Gagliardi. Nel 1862 vennero terminati i lavori all'interno e venne realizzata la copertura della cupola in lastre di piombo. Nella chiesa sono interessanti due pale d'altare, un antico affresco raffigurante la Madonna del Popolo e la tela dell'altar maggiore, realizzata nel 1874 da fra Silvestro dei carmelitani scalzi e raffigurante san Bonaventura e il sacro Cuore di Gesù.